中药学院成立于2018年3月，目前已开设中药学、药学、制药工程、药物分析、护理学、医学检验技术、药物制剂等7个本科专业，在校本科生1765人。中药学院注重内涵建设，中药学学科为安徽应用型高峰培育学科，中药学专业为省级一流专业建设点，制药工程专业为省级质量工程一流（品牌）专业，药学专业为省级新建专业质量提升项目，药物分析专业为省级服务十大新兴产业特色专业。已初步形成以中药学专业为核心的中医药学类专业群。

通过内培外引，建立了一支实践能力“双能型”师资队伍，目前学院有教职工106人，专任教师91人，专职实验技术人员5人，专职辅导员10人。专任教师中，正高职称8人，副高职称13人，中级职称26人；博士42人（含在读4人），硕士58人，“双能型”教师31人。有安徽省技术领军人才2人，安徽省教学名师1人，安徽省教坛新秀2人，皖北产业创新团队带头人2人，亳州市拔尖人才1人，亳州市学术和技术带头人3人，药都“双创”英才计划人选1人。

中药学院实验中心为省级示范实验中心，建筑面积7400平方米，仪器设备总值3657万元，对照《本科类专业教学质量国家标准》要求，已满足各专业实验教学需要。

建有中药原料产品研发安徽省高校重点实验室、中药材质量评价与控制亳州市重点实验室、现代中药制造亳州市重点实验室、亳州市中药材储存工程技术研究中心、中药活性成分筛选和中药毒理校级重点实验室、中药日化研究所，与安徽普仁中药饮片有限公司共建安徽特色中药炮制亳州市重点实验室。组建省级优秀教学团队3个、皖北产业创新团队3个、校级学科团队2个。同时参与安徽中医药大学牵头建设的现代中药共性技术研究中心，与安徽九洲方圆制药有限公司组建安徽省现代中药产业创新研究院。这些学科平台、团队建设，为解决行业企业技术难题提供有力支撑。

中药学院深入行业企业广泛调研，了解行业需求，与企业联合申报项目。与安徽德昌药业联合申报“高Monacolin低桔霉素红曲生产关键技术研究与开发”省重大科技专项，取得了成果登记证书，取得预期效益，安徽德昌药业红曲年产值超过2000万元。与亳州市皖北药业公司、安徽亿人安有限公司联合申报“短杆阔叶白术标准化有机生产一体化技术集成与示范”“中药配方抑菌湿巾的产业化研发”2项市科技重大专项。立项省自然科学基金青年项目1项，省高校自然科学研究重大项目4项、重点项目39项。立项横向项目20项。

中药学院教师参加第四次全国中药资源普查（泗县、利辛、阜阳市颍泉区），普查积累2000多件中药材标本为中药学人才培养起到很好的教学效果。主持制定“安徽省中药饮片炮制规范”白芍等5个品种标准，主持制定安徽省中药材地方标准13项并已出版实施，参与制定国际标准（青风藤）1项。与安徽世茂中药股份有限公司培育“苦参1号”、“皖芦巴1号”两个非主要农作物品种，通过省级鉴定。授权的中药相关的发明专利13项，专利转化3项，授权国际发明专利5项。获安徽省科技成果二等奖1项，淮淮海经济区科技成果奖三等奖1项，亳州市科技成果三等奖1项。获安徽省教学成果特等奖1项。